En lo que se refiere a su actividad de recuperación de material geológico y paleontológico de los acantilados de la costa asturiana, desde su puesta en marcha en 2005 el departamento científico del MUJA ha recuperado más de 500 piezas fósiles. De entre el abundante y variado material paleontológico de vertebrados recuperado durante los últimos años en los acantilado del entorno, y que ha pasado a formar parte de los fondos del Museo, destacan la mayor huella de dinosaurio terópodo conocida hasta el momento, con una longitud de 82 cm, o las icnitas de dinosaurios saurópodos más pequeñas que se conocen, de unos  12 cm.

La colección de icnitas de dinosaurios incluye alrededor de 255 ejemplares y constituye la más destacada colección de huellas de dinosaurios de Europa albergada en un Museo, tanto por su cantidad como por la variedad y excelente estado de conservación de los ejemplares. Según el prestigioso paleontólogo Martin Lockley de la Universidad de Colorado en Denver (Geotimes, enero de 2006), 'la colección de icnitas del MUJA representa una de las más completas a nivel mundial'.

 Por otro lado, la colección de vertebrados del MUJA es la más completa del Jurásico de España. Destacan especialmente dentro de la misma: un esqueleto parcial de cocodrilo marino, parte de la mandíbula de un pequeño ictiosaurio, una ulna (equivalente a nuestro cúbito) de braquiosáurido de 1,25 m de longitud, un esqueleto parcial de estegosaurio, diversos huesos de plesiosaurios, numerosos restos óseos de tortugas marinas (incluyendo varios caparazones) y varios ejemplares incompletos de peces. 

Además, el MUJA alberga una amplia colección de vegetales fósiles, la más numerosa y variada del Jurásico español hasta el momento.

El equipo cientifico tiene un blog muy completo sobre la Costa de los Dinosaurios, DinoAstur. Puedes seguirlos en  http://www.dinoastur.com/